Středisko zabezpečuje, řeší a vyhodnocuje kvalitu činností v oblasti ochrany veřejného zdraví a spolupracuje na programech kvality zdravotní péče dle pokynů MZ ČR.

Zabývá se především plněním následujících úkolů:

• metodické a organizační zabezpečování autorizací laboratoří a osob pro oblast ochrany veřejného zdraví dle zákona č. 258/2000 Sb. v platném znění, včetně rozšiřování příslušných publikací za úplatu
• shromažďování a rozšiřování informací týkajících se programů a nástrojů kvality zdravotnických služeb
• podíl na metodickém a organizačním zabezpečování akreditačního a certifikačního programu zdravotnických zařízení včetně zvláštních zdravotnických zařízení
• koordinace programu mezilaboratorního porovnávání zkoušek organizovaného SZÚ
• vyjadřuje se k legislativě týkající se výše uvedených bodů